Бэкап, из которого сайт реально поднимается
Архив сайта на том же диске, где лежит сам сайт, пропадает вместе с диском. Бэкап — это копия, которую можно достать, когда сервер уже недоступен, и из которой проект поднимается целиком.

Что должно попасть в копию
- файлы сайта, включая загруженные картинки и конфиги, которые вы правили руками;
- дамп базы, а не только папка с движком;
- сертификаты и настройки веб-сервера, если они не восстанавливаются одной переустановкой панели.
Файлы без базы дают пустую оболочку. База без файлов — тексты без картинок и без движка.
Где её держать
Храните копию не на том же VPS. Подойдёт другой сервер, объектное хранилище или диск у себя. Двух последних копий обычно хватает, чтобы не остаться с одним битым архивом. Совсем старые удаляйте по сроку, который вам ещё нужен: год бухгалтерии и неделя кэша — разный срок.
Проверьте, что она открывается
Раз в несколько месяцев поднимите копию рядом: отдельный каталог или временный сервер. Откройте главную, зайдите в админку, посмотрите, что материалы на месте. Пока вы этого не делали, вы не знаете, восстанавливается ли бэкап. Узнавать это в день поломки поздно.
Автоматическое копирование полезно только вместе с этой проверкой. Скрипт, который месяц пишет пустой архив, выглядит как спокойный график и ничего не спасает.